醫師組織公會有相當久遠的歷史；早在日據時代就有醫師須先加入公會始能在地方開業的規定；尤其，當時日本殖民者不准台灣同胞修習法政、不准集會結社，因此台灣菁英只能學醫，台籍人士參與組成的醫師公會，也成為少數能夠代表台灣同胞合法發聲的組織；多少醫界先賢不畏強權、力抗日本政府、拯就台灣同胞，寫下可歌可泣的一頁。

秉持優良歷史的傳承，於終戰之後的1951年1月6日，在嘉義縣國民黨部大禮堂，召開嘉義縣醫師公會改組成立大會，順利 選出第一屆理事、監事與理事長，而展開會務的運作，持續至今，已產生第二十二屆理事長吳正雄及理、監事，公會已真正成為協調同業關係，增進醫界共同利益，促進病人權益的人民團體。

不過，公會剛組成的時候並沒有固定會所，會址只能隨著理事長而遷移，因此每次改選理事長就要更換地址，相當不便。終於在1960年代的第四屆理監事任職內，於嘉義市吳鳳南路上購置一棟兩層樓的木造房屋作為永久會址；隨著會員人數的增加，會務更漸繁忙，未久會館空間就不敷使用，於是1972年公會決定自行興建會館，經費來源除出賣舊會館所得外，也向會員募款，獲會員熱烈響應，隨即於在1975年5月順利地將會館現址興建完成，公會從此擁有寬敞空間、舒適環境，提供會員完善服務。

1982年嘉義縣市分隸，新成立嘉義市醫師公會，秉持互助共榮，嘉義縣、市兩醫師公會於現址會館合署辦公至今，但隨著嘉義地區快速醫療發展，會館又見不敷使用，嘉義縣醫師公會另覓地新建之議又見響起，於2005年第十八屆第二次會員大會通過新購會館，至於舊會館產權賣給嘉義市醫師公會，隨即於2006年2月會館興建完成，順利遷移至現址。此乃歷屆理事長無私的奉獻，理事、監事群策群力及會員們熱心支持的成果，誠如前人開荒撥種，後人灌溉施肥，大家同心協力，而獲得的豐碩收成。

分隸當時，嘉義縣醫師僅一百四十一人，醫療資源大大遜於嘉義市，但隨著近年華濟、慈濟及長庚等三家大型醫院的加入，以及學醫子弟的返鄉服務，目前會員人數逾七百人，實係縣民之福，期盼因新血的加入，不但會務更見發展，民眾健康也將更有保障。