醫師組織公會有相當久遠的歷史;早在日據時代就有醫師須先加入公會始能在地方開業的規定;尤其,當時日本殖民者不准台灣同胞修習法政、不准集會結社,因此台灣菁英只能學醫,台籍人士參與組成的醫師公會,也成為少數能夠代表台灣同胞合法發聲的組織;多少醫界先賢不畏強權、力抗日本政府、拯就台灣同胞,寫下可歌可泣的一頁。
秉持優良歷史的傳承,於終戰之後的1951年1月6日,在嘉義縣國民黨部大禮堂,召開嘉義縣醫師公會改組成立大會,順利 選出第一屆理事、監事與理事長,而展開會務的運作,持續至今,已產生第二十二屆理事長吳正雄及理、監事,公會已真正成為協調同業關係,增進醫界共同利益,促進病人權益的人民團體。
不過,公會剛組成的時候並沒有固定會所,會址只能隨著理事長而遷移,因此每次改選理事長就要更換地址,相當不便。終於在1960年代的第四屆理監事任職內,於嘉義市吳鳳南路上購置一棟兩層樓的木造房屋作為永久會址;隨著會員人數的增加,會務更漸繁忙,未久會館空間就不敷使用,於是1972年公會決定自行興建會館,經費來源除出賣舊會館所得外,也向會員募款,獲會員熱烈響應,隨即於在1975年5月順利地將會館現址興建完成,公會從此擁有寬敞空間、舒適環境,提供會員完善服務。
1982年嘉義縣市分隸,新成立嘉義市醫師公會,秉持互助共榮,嘉義縣、市兩醫師公會於現址會館合署辦公至今,但隨著嘉義地區快速醫療發展,會館又見不敷使用,嘉義縣醫師公會另覓地新建之議又見響起,於2005年第十八屆第二次會員大會通過新購會館,至於舊會館產權賣給嘉義市醫師公會,隨即於2006年2月會館興建完成,順利遷移至現址。此乃歷屆理事長無私的奉獻,理事、監事群策群力及會員們熱心支持的成果,誠如前人開荒撥種,後人灌溉施肥,大家同心協力,而獲得的豐碩收成。
分隸當時,嘉義縣醫師僅一百四十一人,醫療資源大大遜於嘉義市,但隨著近年華濟、慈濟及長庚等三家大型醫院的加入,以及學醫子弟的返鄉服務,目前會員人數逾七百人,實係縣民之福,期盼因新血的加入,不但會務更見發展,民眾健康也將更有保障。